理事会是湖南省人口健康福利基金会最高决策机构，按照《基金会管理条例》和《湖南省人口健康福利基金会章程》规定，每年召开2次会议，由理事长召集和主持。会议须有2/3以上理事出席方能召开，会议所形成决议须经出席理事过半数通过方为有效。监事列席理事会会议，依照章程规定的程序监督理事会遵守法律和章程的情况。
湖南省人口健康福利基金会理事长为基金会法定代表人。副理事长、秘书长在理事长领导下开展工作。
根据全国幸福工程组委会的安排和部署，湖南省幸福工程工作办公室设立在湖南省人口健康福利基金会，由基金会秘书处负责联络和项目执行。
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